Родился в 1965 году в Москве в семье служащих. Отец Михаила был начальником Управления международных связей Госкомспорта СССР, что с ранних лет определило любовь сына к спорту. Мать занималась научной деятельностью в Московском институте химических материалов.

После окончания школы поступил в Московский финансовый институт. После первого курса он проходил службу в рядах вооруженных сил. Отслужив в армии, продолжил обучение в МФИ на факультете международных экономических отношений.

Окончив институт с отличием, устроился на работу в Международный банк экономического сотрудничества. После этого в 1992-1993 годах был председателем правления «Международной финансовой компании», в 1993-1998 гг. — председателем правления «ОНЭКСИМ Банка», а с 1998 стал его президентом.

В одах возглавлял «Норильский никель». В этот период компания стала ведущим поставщиком никеля в мире. Помимо развития компании, М.Прохоров активно вкладывал деньги в спорт, что позволило баскетбольной команде ЦСКА дважды стать чемпионами Евролиги.

В 2004 году учредил Благотворительный фонд культурных инициатив (Фонд Михаила Прохорова), который возглавляет его сестра Ирина. Фонд занимается развитием культуры в российских регионах, поддержанием социальных программ и спорта, выделяет финансирование на поддержку уникальных культурных инициатив. В мае 2007 года Прохоров основал частный инвестиционный фонд ООО «Группа ОНЭКСИМ». В число активов Группы входят «Полюс Золото», РБК, «Ренессанс Капитал» и т.д.

В одах — президент Союза биатлонистов России.

Ведёт активный образ жизни, уделяет много времени спорту, например, кикбоксингу и виндсерфингу, страстно увлекается баскетболом.

В июне-сентябре 2011 года являлся председателем партии «Правое дело».

В 2012 году был кандидатом на должность Президента России, получил поддержку порядка 6 миллионов избирателей.

27 октября 2012 года на Съезде Партии избран в состав Политического комитета «Гражданской Платформы», вошёл в состав Гражданского комитета Партии. В – председатель Политического комитета «Гражданской Платформы». В – председатель Гражданского комитета Партии.